Komputer super pertama di Indonesia adalah Cray Y-MP yang dimiliki oleh LIPI pada tahun 1992.
Saat ini, superkomputer tercepat di Indonesia adalah Gaharu yang dioperasikan oleh BPPT dengan kecepatan puncak 1,5 petaflop.
Indonesia memiliki beberapa superkomputer lainnya seperti Terascale Computing System (TCS) dan HPC-UGM.
Superkomputer digunakan dalam banyak bidang di Indonesia, termasuk riset ilmiah, pemodelan cuaca, dan prediksi bencana alam.
Indonesia memiliki program nasional untuk mengembangkan superkomputer dan teknologi terkait, yang dikenal sebagai Program Riset dan Inovasi Teknologi Superkomputer Nasional (PRISM).
Superkomputer buatan Indonesia, bernama Merah Putih, diluncurkan pada tahun 2018 dan diharapkan dapat meningkatkan daya saing teknologi Indonesia.
Superkomputer juga digunakan untuk mengembangkan aplikasi kecerdasan buatan dan teknologi otomasi di Indonesia.
BPPT adalah lembaga pemerintah yang bertanggung jawab atas pengoperasian beberapa superkomputer di Indonesia.
Sejumlah universitas di Indonesia juga memiliki superkomputer sendiri, termasuk Universitas Gadjah Mada dan Institut Teknologi Bandung.
Indonesia menjadi tuan rumah Konferensi Asia-Pasifik tentang Komputer Super pada tahun 2018, yang menampilkan beberapa inovasi terbaru dalam teknologi superkomputer.
