Objev fosilií Pithecanthropus erectus v Trinilu ve východní Javě v roce 1891 byl jedním z nejdůležitějších vynálezů v biologické historii v Indonésii.
Ve 30. letech se botanikovi jménem Soejatmi Tjitrosomo podařilo najít nový rostlinný druh, který se později pojmenoval Nepenthes Djamban.
V roce 1961 se biologovi jménem Soedjito Soemodihardjo podařilo najít nový druh ryb v jezeře Toba, který se později jmenoval Toba.
V roce 1978 se studii biologické rozmanitosti v národním parku Lorentz v Papua podařilo najít nový druh ptáků jménem Cicinnurus Lorentzi.
V roce 1981 se mořskému biologii jménem Yulius Purwanto podařilo najít nový druh ryb ve vodách Lombok, který se později pojmenoval Pseudanthias lombokensis.
V roce 1993 se biologovi jménem Djaja Doel Soejarto podařilo najít nové chemické sloučeniny z rostlin, které byly poté použity jako léčivé složky k léčbě rakoviny.
V roce 2001 se mořské biolog jménem Jamaluddin Jompa podařilo najít nový druh korálových útesů ve Wakatobi Waters, jihovýchodní Sulawesi.
V roce 2006 se molekulárnímu biologii jménem Herawati Sudoyo podařilo najít genetické variace u lidí v Indonésii, které se liší od lidské genetiky mimo Indonésii.
V roce 2010 se studii biologické rozmanitosti v národním parku Gunung Leuser v Sumatře podařilo najít nový druh ptáků jménem Zoothera Salimalii.
V roce 2015 se námořní biolog jménem Fitry Pakiding podařilo najít nový druh medúzy ve vodách Bunaken, North Sulawesi, který se později jmenoval Euphysa Bunakensis.
