Відкриття копалин пітекантропа еректуса в Тринілі, Східна Ява в 1891 році, було одним з найважливіших винаходів в біологічній історії в Індонезії.
У 1930 -х роках ботанік на ім'я Soejatmi Tjitrosomo вдалося знайти новий вид рослин, який згодом був названий Nepenthes Jamamban.
У 1961 році біологу на ім'я Соеджіто Соемодіхардджо зумів знайти новий вид риб в озері Тоба, який згодом був названий Тоба.
У 1978 р. Дослідженням біорізноманіття в Національному парку Лоренца, Папуа, вдалося знайти новий вид птахів на ім'я Цициннурус Лоренці.
У 1981 році морському біологу на ім'я Юліус Перванто вдалося знайти новий вид риб у водах Ломбока, який згодом був названий псевантіасом Lombokensis.
У 1993 році біологу на ім'я Джаджа Доель Сейдарто вдалося знайти нові хімічні сполуки з рослин, які потім використовувались як лікарські інгредієнти для лікування раку.
У 2001 році морському біологу на ім'я Джамалуддін Джомпа вдалося знайти новий вид коралових рифів у водах Вакатобі, на південному сході Сулавесі.
У 2006 році молекулярному біологу на ім'я Ераваті Судойо вдалося знайти генетичні варіації у людини в Індонезії, які відрізняються від генетики людини за межами Індонезії.
У 2010 році дослідженням біорізноманіття в Національному парку Gunung Leuser, Суматра, вдалося знайти новий вид птахів на ім'я Зотера Салімалі.
У 2015 році морському біологу на ім'я Фітрі Пакінг вдалося знайти новий вид медуз у водах Бунакен, Північний Сулавесі, який згодом був названий euphysa bunakenensis.
