Objav fosílií PitHecanthropus erectus v Trinile v roku 1891 bol jedným z najdôležitejších vynálezov v biologickej histórii v Indonézii.
V 30. rokoch 20. storočia sa botanikovi menom Soejatmi Tjitrosomo podarilo nájsť nový rastlinný druh, ktorý bol neskôr pomenovaný Nepenthes Djamban.
V roku 1961 sa biológovi menom Soedjito Soemodihardjo podarilo nájsť nový druh rýb v jazere Toba, ktorý bol neskôr pomenovaný Toba.
V roku 1978 sa štúdii biodiverzity v národnom parku Lorentz v Papue podarilo nájsť nový druh vtákov s názvom Cicinnurus Lorentzi.
V roku 1981 sa morskému biológovi menom Yulius Purwanto podarilo nájsť nový druh rýb vo vodách Lombok, ktorý bol neskôr pomenovaný Pseudanthias Lomokensis.
V roku 1993 sa biológovi menom Djaja Doel Soejarto podarilo nájsť nové chemické zlúčeniny z rastlín, ktoré sa potom používali ako liečivé zložky na liečbu rakoviny.
V roku 2001 sa morskému biológovi menom Jamaluddin Jompa podarilo nájsť nový druh koralových útesov vo vodách Wakatobi, juhovýchodný Sulawesi.
V roku 2006 sa molekulárnemu biológovi s názvom Herawati Sudoyo podarilo nájsť genetické variácie u ľudí v Indonézii, ktoré sa líšia od ľudskej genetiky mimo Indonézie.
V roku 2010 sa štúdii biodiverzity v národnom parku Gunung Leuser v Sumatre podarilo nájsť nový druh vtákov menom Zootherra Salimalii.
V roku 2015 sa morskému biológovi s názvom Fitry Pakiding podarilo nájsť nový druh medúzy vo vodách Bunaken, North Sulawesi, ktorý sa neskôr pomenoval Euphysa Bunakenensis.
