Odkritje fosilov Pithecanthropus erectus v Trinilu na vzhodni Javi leta 1891 je bilo eden najpomembnejših izumov v biološki zgodovini v Indoneziji.
V tridesetih letih prejšnjega stoletja je botaniku z imenom Soejatmi Tjitrosomo uspel najti novo rastlinsko vrsto, ki je bila pozneje imenovana Nepenthes Djamban.
Leta 1961 je biolog z imenom Soedjito Soemodihardjo v jezeru Toba, ki je bila pozneje imenovana za Toba, najti novo ribjo vrsto.
Leta 1978 je študija biotske raznovrstnosti v nacionalnem parku Lorentz v Papui uspela najti novo vrsto ptic z imenom Cicinnurus Lorentzi.
Leta 1981 je morski biolog po imenu Yulius Purwanto uspel najti novo ribjo vrsto v vodah Lombok, ki so jo pozneje imenovali Pseudanthias Lombokensis.
Leta 1993 je biolog po imenu Djaja Doel Soejarto uspelo najti nove kemijske spojine iz rastlin, ki so bile takrat uporabljene kot zdravilne sestavine za zdravljenje raka.
Leta 2001 je morski biolog z imenom Jamaluddin Jompa uspelo najti novo vrsto koralnih grebenov v Wakatobi Waters, jugovzhodni Sulawesi.
Leta 2006 je molekularni biolog po imenu Herawati Sudoyo uspelo najti genetske razlike pri ljudeh pri Indoneziji, ki se razlikujejo od človeške genetike zunaj Indonezije.
Leta 2010 je študija biotske raznovrstnosti v nacionalnem parku Gunung Leuser v Sumatri uspela najti novo ptičje vrste z imenom Zoothera Salimalii.
Leta 2015 je morski biolog po imenu Fitry Pakiding uspel najti novo vrsto meduz v vodah Bunakena v Severnem Sulawesiju, ki so jo pozneje imenovali Euphysa Bunakenensis.
