1891'de Doğu Java, Trinil'de Pithecanthropus erectus fosillerinin keşfi, Endonezya'daki biyolojik tarihin en önemli icatlarından biriydi.
1930'larda Soejatmi Tjitrosomo adlı bir botanikçi, daha sonra Nepenthes Djamban adında yeni bir bitki türü bulmayı başardı.
1961'de Soedjito Soemodihardjo adında bir biyolog Toba Gölü'nde daha sonra Toba adında yeni bir balık türü bulmayı başardı.
1978'de Papua, Lorentz Milli Parkı'ndaki biyolojik çeşitlilik çalışması, Cicinnurus Lorentzi adında yeni bir kuş türü bulmayı başardı.
1981'de Yulius Purwanto adlı bir deniz biyoloğu, Lombok sularında daha sonra Pseudanthias lombokensis olarak adlandırılan yeni bir balık türü bulmayı başardı.
1993 yılında, Djaja Doel Soejarto adlı bir biyolog, daha sonra kanseri tedavi etmek için tıbbi bileşenler olarak kullanılan bitkilerden yeni kimyasal bileşikler bulmayı başardı.
2001 yılında Jamaluddin Jompa adlı bir deniz biyoloğu, Güneydoğu Sulawesi, Wakatobi Waters'da yeni bir mercan kayalığı türü bulmayı başardı.
2006 yılında, Herawati Sudoyo adlı bir moleküler biyolog, Endonezya'da insanlarda Endonezya dışındaki insan genetiğinden farklı olan genetik varyasyonlar bulmayı başardı.
2010 yılında, Sumatra Gunung Leuser Milli Parkı'ndaki biyolojik çeşitlilik çalışması, Zoothera salimalii adında yeni bir kuş türü bulmayı başardı.
2015 yılında, Fitry Pakiding adlı bir deniz biyoloğu, daha sonra Euphysa Bunakenensis olarak adlandırılan Kuzey Sulawesi'nin Bunaken sularında yeni bir denizanası türü bulmayı başardı.
