Roedd darganfod ffosiliau pithecanthropus erectus yn Trinil, Dwyrain Java ym 1891 yn un o'r dyfeisiadau pwysicaf yn hanes biolegol yn Indonesia.
Yn y 1930au, llwyddodd botanegydd o'r enw Soejatmi Tjitrosomo i ddod o hyd i rywogaeth planhigion newydd a enwyd yn ddiweddarach yn Nepenthes Djamban.
Ym 1961, llwyddodd biolegydd o'r enw Sedjito Soemodihardjo i ddod o hyd i rywogaeth bysgod newydd yn Lake Toba a enwyd yn ddiweddarach yn Toba.
Ym 1978, llwyddodd astudiaeth o fioamrywiaeth ym Mharc Cenedlaethol Lorentz, Papua, i ddod o hyd i rywogaeth adar newydd o'r enw Cicinnurus Lorentzi.
Ym 1981, llwyddodd biolegydd morol o'r enw Yulius Purwaanto i ddod o hyd i rywogaeth bysgod newydd yn nyfroedd Lombok a enwyd yn ddiweddarach yn Pseudanthias lombokensis.
Ym 1993, llwyddodd biolegydd o'r enw Djaja Doel Soejarto i ddod o hyd i gyfansoddion cemegol newydd o blanhigion a ddefnyddiwyd wedyn fel cynhwysion meddyginiaethol i drin canser.
Yn 2001, llwyddodd biolegydd môr o'r enw Jamaluddin Jompa i ddod o hyd i rywogaeth riff cwrel newydd yn nyfroedd Wakatobi, de -ddwyrain Sulawesi.
Yn 2006, llwyddodd biolegydd moleciwlaidd o'r enw Herawati Sudoyo i ddod o hyd i amrywiadau genetig mewn bodau dynol yn Indonesia sy'n wahanol i eneteg ddynol y tu allan i Indonesia.
Yn 2010, llwyddodd astudiaeth o fioamrywiaeth ym Mharc Cenedlaethol Gunung Leuser, Sumatra, i ddod o hyd i rywogaeth adar newydd o'r enw Zoothera Salimalii.
Yn 2015, llwyddodd biolegydd morol o'r enw Fitry Pakiding i ddod o hyd i rywogaeth slefrod môr newydd yn nyfroedd Bunake, Gogledd Sulawesi a enwyd yn ddiweddarach yn Euphysa Bunakenensis.
