Otkrivanje fosila Pithecanthropus erectus u Trinilu, Istočna Java 1891. godine, bio je jedan od najvažnijih izuma u biološkoj povijesti u Indoneziji.
U 1930 -ima, botaničar po imenu Soejatmi Tjitrosomo uspio je pronaći novu biljnu vrstu koja je kasnije nazvana Nepenthes Djamban.
Godine 1961. biolog po imenu Soedjito Soemodihardjo uspio je pronaći novu vrstu ribe u jezeru Toba koja je kasnije nazvana Toba.
1978. godine studija biološke raznolikosti u Nacionalnom parku Lorentz, Papua, uspjela je pronaći novu vrstu ptica po imenu Cicinnurus Lorentzi.
Godine 1981. morski biolog po imenu Yulius Purwanto uspio je pronaći novu vrstu ribe u vodama Lombok -a koja je kasnije nazvana Pseudanthias Lombokensis.
Godine 1993. biolog po imenu Djaja Doel Soejarto uspio je pronaći nove kemijske spojeve iz biljaka koje su tada korištene kao ljekoviti sastojci za liječenje raka.
2001. godine morski biolog po imenu Jamaluddin Jompa uspio je pronaći novu vrstu koraljnih grebena u Wakatobi Waters, jugoistočni Sulawesi.
Godine 2006. molekularni biolog po imenu Herawati Sudoyo uspio je pronaći genetske varijacije kod ljudi u Indoneziji koje se razlikuju od ljudske genetike izvan Indonezije.
U 2010. godini, studija biološke raznolikosti u Nacionalnom parku Gunung Leuser, Sumatra, uspjela je pronaći novu vrstu ptica po imenu Zoothera Salimalii.
U 2015. godini morski biolog po imenu Fitry Pakiding uspio je pronaći nove vrste meduza u vodama Bunakena, Sjeverni Sulawesi, koji je kasnije nazvan Euphysa bunakensensis.
