Opdagelsen af Pithecanthropus erectus fossiler i Trinil, East Java i 1891 var en af de vigtigste opfindelser i biologisk historie i Indonesien.
I 1930'erne formåede en botaniker ved navn Soejatmi Tjitrosomo at finde en ny planteart, der senere blev navngivet Nepenthes Djamban.
I 1961 formåede en biolog ved navn Soedjito Soemodihardjo at finde en ny fiskeart i Toba -søen, som senere blev navngivet Toba.
I 1978 formåede en undersøgelse af biodiversitet i Lorentz National Park, Papua, at finde en ny fugleart ved navn Cicinnurus Lorentzi.
I 1981 formåede en marinbiolog ved navn Yulius Purwanto at finde en ny fiskeart i Lombok -farvande, som senere blev navngivet Pseudanthias lombokensis.
I 1993 formåede en biolog ved navn Djaja Doel Soejarto at finde nye kemiske forbindelser fra planter, som derefter blev brugt som medicinske ingredienser til behandling af kræft.
I 2001 formåede en havbiolog ved navn Jamaluddin Jompa at finde en ny koralrevart i Wakatobi Waters, Southeast Sulawesi.
I 2006 formåede en molekylærbiolog ved navn Herawati Sudoyo at finde genetiske variationer hos mennesker i Indonesien, der er forskellige fra menneskelig genetik uden for Indonesien.
I 2010 formåede en undersøgelse af biodiversitet i Gunung Leuser National Park, Sumatra, at finde en ny fugleart ved navn Zoothera salimalii.
I 2015 lykkedes det en marinbiolog ved navn Fitry Pakiding at finde en ny vandmændart i vandet i Bunaken, North Sulawesi, som senere blev navngivet Euphysa Bunakenensis.
