У Інданезіі пражывае больш за 3000 відаў рыбы, у тым ліку акулы і вядомыя прамяні.
Раджа Ампат -Астравы ў Заходняй Папуа маюць больш за 1500 відаў рыбы і 600 каралаў.
Каралавыя рыфы Інданезіі - гэта другі па велічыні ў свеце пасля вялікага бар'ернага рыфа ў Аўстраліі.
Ахоўныя зялёныя марскія чарапахі жывуць у інданезійскіх водах і могуць вырасці да 1 метра.
Існуе больш за 20 тыпаў дэльфінаў і кітоў, якія можна знайсці ў інданезійскіх водах.
Каралавыя рыфы ў Інданезіі кожны год вырабляюць па меншай меры 15 мільёнаў тон рыбы.
Рыба -клоун, які з'яўляецца галоўным героем у фільме "Пошук Нема", з'яўляецца відам роднай інданезійскай рыбы.
Інданезійскія воды таксама славяцца сваім вялікім і прыгожым Манта -Рэем.
У інданезійскіх водах можна знайсці больш за 70 відаў медуз.
Інданезія мае некаторыя з лепшых месцаў для дайвінга ў свеце, у тым ліку Нацыянальны парк Банакена ў Паўночным Сулавесі і нацыянальны парк Комада ва Усходняй Нуса -Тенггары.