Endonezya, köpekbalıkları ve ünlü ışınlar da dahil olmak üzere 3.000'den fazla balık türüne ev sahipliği yapmaktadır.
Batı Papua'daki Raja Ampat Adaları 1.500'den fazla balık türüne ve 600 mercan türüne sahiptir.
Endonezya'nın mercan resifleri, Avustralya'daki büyük bariyer resifinden sonra dünyanın en büyük ikinci büyüklüğüdür.
Korunan yeşil deniz kaplumbağaları Endonezya sularında yaşar ve 1 metreye kadar büyüyebilir.
Endonezya sularında bulunabilecek 20'den fazla tür yunus ve balina bulunmaktadır.
Endonezya'nın mercan resifleri her yıl en az 15 milyon ton balık üretiyor.
Filmin Nemo filminin ana karakteri olan palyaço balıkları, yerli Endonezya balık türüdür.
Endonezya suları da büyük ve güzel manta ışını ile ünlüdür.
Endonezya sularında bulunabilecek 70'den fazla denizanası türü vardır.
Endonezya, Kuzey Sulawesi'deki Bunaken Milli Parkı ve Doğu Nusa Tenggara'daki Komodo Milli Parkı da dahil olmak üzere dünyanın en iyi dalış yerlerinden bazılarına sahiptir.
