Mae Indonesia yn gartref i fwy na 3,000 o rywogaethau o bysgod, gan gynnwys siarcod a phelydrau enwog.
Mae gan Ynysoedd Raja Ampat yng Ngorllewin Papua fwy na 1,500 o rywogaethau o bysgod a 600 o rywogaethau cwrel.
Riffiau cwrel Indonesia yw'r ail fwyaf yn y byd ar ôl y Great Barrier Reef yn Awstralia.
Mae'r crwbanod môr gwyrdd gwarchodedig yn byw yn nyfroedd Indonesia a gallant dyfu hyd at 1 metr.
Mae mwy nag 20 math o ddolffiniaid a morfilod i'w cael yn nyfroedd Indonesia.
Mae riffiau cwrel Indonesia yn cynhyrchu o leiaf 15 miliwn o dunelli o bysgod bob blwyddyn.
Mae pysgod clown, sef y prif gymeriad yn y ffilm Finding Nemo, yn rhywogaeth o bysgod brodorol o Indonesia.
Mae dyfroedd Indonesia hefyd yn enwog am ei belydr manta gwych a hardd.
Mae mwy na 70 math o slefrod môr i'w gweld yn nyfroedd Indonesia.
Mae gan Indonesia rai o'r lleoliadau plymio gorau yn y byd, gan gynnwys Parc Cenedlaethol Bunaken yng Ngogledd Sulawesi a Pharc Cenedlaethol Komodo yn Nwyrain Nusa Tenggara.
