Η Ινδονησία φιλοξενεί περισσότερα από 3.000 είδη ψαριών, συμπεριλαμβανομένων των καρχαριών και των διάσημων ακτίνων.
Τα νησιά Raja Ampat στη Δυτική Παπούα έχουν περισσότερα από 1.500 είδη ψαριών και 600 κοραλλιογενών ειδών.
Οι κοραλλιογενείς ύφαλοι της Ινδονησίας είναι οι δεύτεροι μεγαλύτεροι στον κόσμο μετά τον Μεγάλο Φραγμικό Reef στην Αυστραλία.
Οι προστατευόμενες πράσινες θαλάσσιες χελώνες ζουν σε ύδατα της Ινδονησίας και μπορούν να μεγαλώσουν μέχρι 1 μέτρο.
Υπάρχουν περισσότεροι από 20 τύποι δελφινιών και φάλαινων που μπορούν να βρεθούν στα ύδατα της Ινδονησίας.
Οι κοραλλιογενείς ύφαλοι της Ινδονησίας παράγουν τουλάχιστον 15 εκατομμύρια τόνους ψαριών κάθε χρόνο.
Τα ψάρια κλόουν, που είναι ο κύριος χαρακτήρας στην ταινία Finding Nemo, είναι ένα είδος ιθαγενών ινδονησιακών ψαριών.
Τα νερά της Ινδονησίας είναι επίσης διάσημα για το μεγάλο και όμορφο Manta Ray.
Υπάρχουν περισσότεροι από 70 τύποι μέδουσων που μπορούν να βρεθούν στα ύδατα της Ινδονησίας.
Η Ινδονησία έχει μερικές από τις καλύτερες τοποθεσίες καταδύσεων στον κόσμο, συμπεριλαμβανομένου του Εθνικού Πάρκου Bunaken στο North Sulawesi και στο Εθνικό Πάρκο Komodo στην Ανατολική Nusa Tenggara.
