Indonésie je domovem více než 3 000 druhů ryb, včetně žraloků a slavných paprsků.
Raja Ampatské ostrovy v západní Papui mají více než 1 500 druhů ryb a 600 druhů korálů.
Indonéské korálové útesy jsou druhým největším na světě po Velkém bariérovém útesu v Austrálii.
Chráněné zelené mořské želvy žijí v indonéských vodách a mohou růst až 1 metr.
Existuje více než 20 typů delfínů a velryb, které lze nalézt v indonéských vodách.
Indonéské korálové útesy produkují každý rok nejméně 15 milionů tun ryb.
Klaunské ryby, což je hlavní postava ve filmu, který hledá Nemo, je druh původních indonéských ryb.
Indonéské vody jsou také známé svým velkým a krásným paprskem manta.
V indonéských vodách existuje více než 70 typů medúzy.
Indonésie má některá z nejlepších potápěčských míst na světě, včetně národního parku Bunaken v North Sulawesi a národním parku Komodo ve východní Nusa Tenggara.