Indonezija je dom više od 3000 vrsta riba, uključujući morske pse i poznate zrake.
Otoci Raja Ampat u zapadnoj Papui imaju više od 1.500 vrsta riba i 600 vrsta koralja.
Indonezijski koraljni grebeni drugi su najveći na svijetu nakon velikog grebena za barijere u Australiji.
Zaštićene zelene morske kornjače žive u indonezijskim vodama i mogu narasti do 1 metra.
Postoji više od 20 vrsta dupina i kitova koje se mogu naći u indonezijskim vodama.
Indonezijski koralni grebeni svake godine proizvode najmanje 15 milijuna tona ribe.
Riba klauna, koja je glavni lik u filmu Pronalaženje Nemo, vrsta je izvorne indonezijske ribe.
Indonezijske vode također su poznate po sjajnom i lijepom Manta Rayu.
Postoji više od 70 vrsta meduza koje se mogu naći u indonezijskim vodama.
Indonezija ima neke od najboljih ronilačkih mjesta na svijetu, uključujući Nacionalni park Bunaken u Sjevernom Sulawesiju i Nacionalni park Komodo u Istočnoj Nusa Tenggara.
