Yn y 1950au, roedd Indonesia yn un o'r gwledydd a ddioddefodd y mwyaf malaria yn y byd.
Cyn gwladychiaeth yr Iseldiroedd, meddygaeth draddodiadol gan ddefnyddio cynhwysion llysieuol ac arferion meddygol amgen fel adweitheg a thylino cwpanu.
Yn ystod anterth teyrnas Majapahit, roedd system iechyd orfodol wedi'i threchu'n dda, gan gynnwys systemau glanweithdra a thriniaeth.
Yn ystod cyfnod trefedigaethol Japan, bu cynnydd yn y gwasanaethau iechyd, megis rhaglenni brechu ac adeiladu ysbytai.
Yn y 1960au, profodd Indonesia epidemig ffliw adar marwol.
Yn yr 1980au, daeth Indonesia yn un o'r gwledydd gyda nifer uchel o HIV/AIDS.
Yn y 1990au, profodd Indonesia epidemig colera a hawliodd lawer o fywydau.
Yn y 2000au, daeth Indonesia yn un o'r gwledydd gyda nifer uchel o grebachu (methu รข thyfu) mewn plant.
Yn y 2010au, profodd Indonesia epidemig firws Corona am y tro cyntaf gydag ymddangosiad yr achos MERS-CoV.
Ar hyn o bryd, mae Indonesia yn brechu'n ddwys i oresgyn Pandemi Covid-19.