1950ndatel oli Indoneesia üks neist riikidest, kes kannatas maailma kõige malaariaga.
Enne Hollandi kolonialismi kasutades taimseid koostisosi ja alternatiivseid meditsiinipraktikaid, näiteks refleksoloogia ja tassimise massaaži, kasutavad traditsioonilised meditsiinid.
Majapahiti kuningriigi tipptunnil oli kaevu organiseeritud tervishoiusüsteem, sealhulgas sanitaar- ja ravisüsteemid.
Jaapani koloniaalperioodil suurenes tervishoiuteenused, näiteks vaktsineerimisprogrammid ja haigla ehitamine.
1960. aastatel koges Indoneesia surmavat linnugrupi epideemiat.
1980ndatel sai Indoneesiast üks riikidest, kus on kõrge HIV/AIDSi esinemissagedus.
1990ndatel koges Indoneesia kooleraepideemiat, mis nõudis paljusid elusid.
2000ndatel sai Indoneesiast üks riikidest, kellel oli lastel kõrge uimastamise esinemissagedus (ei õnnestunud kasvada).
2010. aastatel koges Indoneesia esimest korda koroonaviiruse epideemiat Mers-Covi juhtumi tekkimisega.
Praegu vaktsineerib Indoneesia intensiivselt, et ületada Pandemi Covid-19.
