Στη δεκαετία του 1950, η Ινδονησία ήταν μία από τις χώρες που υπέστη την περισσότερη ελονοσία στον κόσμο.
Πριν από την ολλανδική αποικιοκρατία, η παραδοσιακή ιατρική χρησιμοποιώντας φυτικά συστατικά και εναλλακτικές ιατρικές πρακτικές, όπως η ρεφλεξολογία και το μασάζ.
Κατά τη διάρκεια της ακμής του βασιλείου Majapahit, υπήρχε ένα καλά οργανωμένο σύστημα υγείας, συμπεριλαμβανομένων συστημάτων αποχέτευσης και επεξεργασίας.
Κατά τη διάρκεια της ιαπωνικής αποικιακής περιόδου, σημειώθηκε αύξηση των υπηρεσιών υγείας, όπως τα προγράμματα εμβολιασμού και η κατασκευή νοσοκομείων.
Στη δεκαετία του 1960, η Ινδονησία γνώρισε μια θανατηφόρα επιδημία γρίπης πουλιών.
Στη δεκαετία του 1980, η Ινδονησία έγινε μία από τις χώρες με υψηλή συχνότητα εμφάνισης HIV/AIDS.
Στη δεκαετία του 1990, η Ινδονησία γνώρισε μια επιδημία χολέρας που διεκδίκησε πολλές ζωές.
Στη δεκαετία του 2000, η Ινδονησία έγινε μία από τις χώρες με υψηλή συχνότητα εμφάνισης (απέτυχε να αναπτυχθεί) στα παιδιά.
Στο 2010, η Ινδονησία γνώρισε για πρώτη φορά την επιδημία του ιού Corona με την εμφάνιση της υπόθεσης MERS-COV.
Επί του παρόντος, η Ινδονησία εμβολιάζει εντατικά για να ξεπεράσει το Pandemi Covid-19.
