Šeštajame dešimtmetyje Indonezija buvo viena iš šalių, kurios patyrė daugiausia maliarijos pasaulyje.
Prieš Nyderlandų kolonializmą, tradicinė medicina, naudojant vaistažolių ingredientus ir alternatyvią medicinos praktiką, tokią kaip refleksologija ir taupymo masažas.
Majapahit karalystės metu buvo gerai organizuota sveikatos sistema, įskaitant sanitarijos ir gydymo sistemas.
Japonijos kolonijiniame laikotarpyje padidėjo sveikatos priežiūros paslaugos, tokios kaip skiepijimo programos ir ligoninės statyba.
Septintajame dešimtmetyje Indonezija patyrė mirtiną paukščių gripo epidemiją.
Devintajame dešimtmetyje Indonezija tapo viena iš šalių, kuriose yra didelis ŽIV/AIDS.
Dešimtajame dešimtmetyje Indonezija patyrė choleros epidemiją, kuri reikalavo daug gyvybių.
2000 -aisiais Indonezija tapo viena iš šalių, kuriose vaikai yra labai apsvaigę (nepavyko augti) vaikams.
2010-aisiais Indonezija pirmą kartą patyrė Koronos viruso epidemiją, atsiradus MERS-COV atvejui.
Šiuo metu Indonezija intensyviai skiepijasi, kad įveiktų Pandemi Covid-19.
