Noong 1950s, ang Indonesia ay isa sa mga bansa na nagdusa sa pinakamaraming malaria sa mundo.
Bago ang kolonyalismo ng Dutch, tradisyonal na gamot gamit ang mga herbal na sangkap at alternatibong mga medikal na kasanayan tulad ng reflexology at cupping massage.
Sa panahon ng heyday ng Majapahit Kingdom, mayroong isang maayos na sistema ng kalusugan, kabilang ang mga sistema ng kalinisan at paggamot.
Sa panahon ng kolonyal na Hapon, nagkaroon ng pagtaas sa mga serbisyong pangkalusugan, tulad ng mga programa sa pagbabakuna at pagtatayo ng ospital.
Noong 1960, nakaranas ng Indonesia ang isang nakamamatay na epidemya ng trangkaso ng ibon.
Noong 1980s, ang Indonesia ay naging isa sa mga bansa na may mataas na saklaw ng HIV/AIDS.
Noong 1990s, nakaranas ng Indonesia ang isang epidemya ng cholera na nag -angkon ng maraming buhay.
Noong 2000s, ang Indonesia ay naging isa sa mga bansa na may mataas na saklaw ng stunting (nabigo na lumago) sa mga bata.
Noong 2010, naranasan ng Indonesia ang epidemya ng corona virus sa kauna-unahang pagkakataon sa paglitaw ng kaso ng MERS-CoV.
Sa kasalukuyan, ang Indonesia ay masidhing pagbabakuna upang mapagtagumpayan ang Pandemi Covid-19.
