In de jaren 1950 was Indonesië een van de landen die de meeste malaria ter wereld leed.
Vóór het Nederlandse kolonialisme, traditionele geneeskunde met kruideningrediënten en alternatieve medische praktijken zoals reflexologie en cupping -massage.
Tijdens de hoogtijdagen van het Majapahit -koninkrijk was er een goed georganiseerd gezondheidssysteem, inclusief sanitaire en behandelingssystemen.
Tijdens de Japanse koloniale periode was er een toename van gezondheidsdiensten, zoals vaccinatieprogramma's en ziekenhuisconstructie.
In de jaren zestig ervoer Indonesië een dodelijke vogelgriepepidemie.
In de jaren tachtig werd Indonesië een van de landen met een hoge incidentie van HIV/AIDS.
In de jaren negentig beleefde Indonesië een cholera -epidemie die vele levens claimde.
In de jaren 2000 werd Indonesië een van de landen met een hoge incidentie van stunting (niet groeien) bij kinderen.
In de jaren 2010 beleefde Indonesië voor het eerst de Corona-virusepidemie met de opkomst van de MERS-COV-zaak.
Momenteel is Indonesië intensief vaccineert om Pandemi Covid-19 te overwinnen.