W latach pięćdziesiątych Indonezja była jednym z krajów, które ucierpiały najbardziej malarii na świecie.
Przed holenderskim kolonializmem tradycyjna medycyna z wykorzystaniem składników ziołowych i alternatywnych praktyk medycznych, takich jak refleksologia i masaż bańki.
W czasach świetności Królestwa Majapahit istniał dobrze zorganizowany system opieki zdrowotnej, w tym systemy sanitarne i leczenia.
W japońskim okresie kolonialnym nastąpił wzrost usług zdrowotnych, takich jak programy szczepień i budowa szpitala.
W latach 60. Indonezja doświadczyła śmiertelnej epidemii ptaków.
W latach 80. Indonezja stała się jednym z krajów o wysokiej częstości występowania HIV/AIDS.
W latach 90. Indonezja doświadczyła epidemii cholery, która pochłonęła wiele żyć.
W latach 2000. Indonezja stała się jednym z krajów o wysokiej częstotliwości zaklęć (nie powiększyło się) u dzieci.
W 2010 roku Indonezja po raz pierwszy doświadczyła epidemii wirusa Corona wraz z pojawieniem się sprawy MERS-COV.
Obecnie Indonezja intensywnie szczepia się w celu przezwyciężenia Pandemi Covid-19.
