V petdesetih letih prejšnjega stoletja je bila Indonezija ena izmed držav, ki je utrpela največ malarije na svetu.
Pred nizozemskim kolonializmom tradicionalno medicino uporablja zeliščne sestavine in alternativne medicinske prakse, kot sta refleksologija in masaža skodelice.
Med razcvetom kraljestva Majapahit je bil dobro organiziran zdravstveni sistem, vključno s sanitarnimi sistemi in sistemi zdravljenja.
V japonskem kolonialnem obdobju je prišlo do povečanja zdravstvenih storitev, kot so programi cepljenja in gradnja bolnišnic.
V šestdesetih letih prejšnjega stoletja je Indonezija doživela smrtonosno epidemijo ptičje gripe.
V osemdesetih letih je Indonezija postala ena od držav z veliko pojavnostjo virusa HIV/AIDS -a.
V devetdesetih letih je Indonezija doživela epidemijo kolere, ki je zahtevala veliko življenj.
V 2000 -ih je Indonezija postala ena od držav z veliko pojavnostjo omamljenja (ni uspela rasti) pri otrocih.
V letu 2010 je Indonezija prvič doživela epidemijo virusa Corone z nastankom primera MERS-Cov.
Trenutno se Indonezija intenzivno cepi, da bi premagala Pandemi Covid-19.
