U 1950 -ima, Indonezija je bila jedna od zemalja koja je pretrpjela najviše malarije na svijetu.
Prije nizozemskog kolonijalizma, tradicionalna medicina koja koristi biljne sastojke i alternativne medicinske prakse kao što su refleksologija i masaža.
Tijekom procvata kraljevstva Majapahit postojao je dobro organiziran zdravstveni sustav, uključujući sanitarne i sustave liječenja.
Tijekom japanskog kolonijalnog razdoblja došlo je do povećanja zdravstvenih usluga, poput programa cijepljenja i izgradnje bolnice.
U 1960 -ima Indonezija je doživjela smrtonosnu epidemiju ptičje gripe.
U 1980 -ima, Indonezija je postala jedna od zemalja s velikom učestalošću HIV/AIDS -a.
U 1990 -ima, Indonezija je doživjela epidemiju kolere koja je tvrdila mnoge živote.
U 2000 -ima, Indonezija je postala jedna od zemalja s velikom učestalošću zastoja (nije uspjela rasti) u djece.
U 2010. godini, Indonezija je prvi put doživjela epidemiju virusa Corona s pojavom slučaja MERS-COV.
Trenutno, Indonezija intenzivno cijepljuje kako bi prevladala Pandemi Covid-19.
