På 1950 -tallet var Indonesia et av landene som led mest malaria i verden.
Før den nederlandske kolonialismen, tradisjonell medisin ved bruk av urteingredienser og alternativ medisinsk praksis som refleksologi og cuppingmassasje.
I løpet av Majapahit -rikets storhetstid var det et godt organisert helsesystem, inkludert sanitær- og behandlingssystemer.
I løpet av den japanske kolonitiden var det en økning i helsetjenester, for eksempel vaksinasjonsprogrammer og sykehusbygging.
På 1960 -tallet opplevde Indonesia en dødelig fugleinfluensaepidemi.
På 1980 -tallet ble Indonesia et av landene med høy forekomst av HIV/AIDS.
På 1990 -tallet opplevde Indonesia en koleraepidemi som hevdet mange liv.
På 2000 -tallet ble Indonesia et av landene med høy forekomst av stunting (ikke klarte å vokse) hos barn.
På 2010-tallet opplevde Indonesia koronavirusepidemien for første gang med fremveksten av Mers-CoV-saken.
For tiden vaksinerer Indonesia intensivt for å overvinne Pandemi Covid-19.
