I 1950'erne var Indonesien et af de lande, der led den mest malaria i verden.
Før den hollandske kolonialisme, traditionel medicin ved hjælp af urteingredienser og alternativ medicinsk praksis såsom refleksologi og cupping -massage.
I Majapahit -kongeriget var der et brøndorganiseret sundhedssystem, herunder sanitets- og behandlingssystemer.
I den japanske kolonitid var der en stigning i sundhedsydelser, såsom vaccinationsprogrammer og byggeri på hospitalet.
I 1960'erne oplevede Indonesien en dødbringende fugleinfluenzaepidemi.
I 1980'erne blev Indonesien et af de lande med en høj forekomst af HIV/AIDS.
I 1990'erne oplevede Indonesien en koleraepidemi, der hævdede mange liv.
I 2000'erne blev Indonesien et af de lande med en høj forekomst af stunting (kunne ikke vokse) hos børn.
I 2010'erne oplevede Indonesien Corona-virussepidemien for første gang med fremkomsten af MERS-CoV-sagen.
I øjeblikket vaccineres Indonesien intensivt for at overvinde Pandemi Covid-19.
