Средната възраст в Индонезия започва през 8 до 16 век, особено в регионите на Ява и Суматра.
Индуистко-будисткото царство, като царството на Сривиджая и царството Маяпахит, се превърна в център на културата и търговията в архипелага по това време.
Средната епоха на Индонезия е известна още като Златния век на изкуството и архитектурата, като храмовете Боробудур и Прамбанан.
През 13 век Марко Поло, изследовател от Италия, посещава пристанища в архипелага и записа за живота там.
През 14 век мюсюлмански моряк от Мароко на име Ибн Батута също посети Индонезия и пише за опита си там.
Султан Агунг от Матарам се превърна в една от важните фигури по това време, защото успя да обедини яваската територия и да изгради силно царство.
В края на 16 век португалците започват да контролират търговията с подправки в архипелага и изграждат крепости в крайбрежните райони.
През 17-ти век VOC (Vereenigde Oost-indische Compagnie) се превръща в доминиращата сила в архипелага и контролира търговията с подправки.
В началото на 19 век Индонезия започва да се превръща в център на борбата за независимост от холандския колониализъм.
През 1945 г. Индонезия успява да обяви своята независимост и да стане независима държава.
