Vidusdienis Indonēzijā sākās 8. līdz 16. gadsimtā, it īpaši Java un Sumatras reģionos.
Hindu budistu valstība, piemēram, Šrivijajas karaliste un Majapahitas karaliste, šajā laikā kļuva par arhipelāga kultūras un tirdzniecības centru.
Indonēzijas vidējais vecums ir pazīstams arī kā mākslas un arhitektūras zelta laikmets, piemēram, Borobudur un Prambanan tempļi.
13. gadsimtā Marko Polo, pētnieks no Itālijas, apmeklēja ostas arhipelāgā un ierakstīja par dzīvi tur.
14. gadsimtā musulmaņu jūrnieks no Marokas vārdā Ibn Battuta apmeklēja arī Indonēziju un rakstīja par savu pieredzi tur.
Sultāns Agungs no Matarama kļuva par vienu no svarīgajiem skaitļiem šajā laikā, jo tai izdevās apvienot Javanese teritoriju un būvēt spēcīgu karaļvalsti.
16. gadsimta beigās portugāļi sāka kontrolēt garšvielu tirdzniecību arhipelāgā un uzcēla cietokšņus piekrastes zonās.
17. gadsimtā GOS (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) kļuva par dominējošo spēku arhipelāgā un kontrolēja garšvielu tirdzniecību.
19. gadsimta sākumā Indonēzija sāka kļūt par cīņas par neatkarību centru no Nīderlandes koloniālisma.
1945. gadā Indonēzijai izdevās pasludināt savu neatkarību un kļūt par neatkarīgu valsti.
