Srednja starost v Indoneziji se je začela v 8. do 16. stoletju, zlasti v regijah Jave in Sumatre.
Hindu-buddhistično kraljestvo, kot sta kraljestvo Srivijaya in kraljestvo Majapahit, je v tem trenutku postalo središče kulture in trgovine na arhipelagu.
Srednja doba Indonezije je znana tudi kot zlata doba umetnosti in arhitekture, kot sta templji Borobudur in Prambanan.
V 13. stoletju je Marco Polo, raziskovalec iz Italije, obiskal pristanišča na arhipelagu in zabeležil tam življenje.
V 14. stoletju je muslimanski mornar iz Maroka po imenu Ibn Battuta obiskal tudi Indonezijo in pisal o svojih izkušnjah tam.
Sultan Agung iz Matarama je v tem času postal ena pomembnih osebnosti, ker je uspela združiti javansko ozemlje in zgraditi močno kraljestvo.
Konec 16. stoletja so Portugalci začeli nadzorovati trgovino z začimbami na arhipelagu in gradili trdnjave na obalnih območjih.
V 17. stoletju je VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) postal prevladujoča sila v arhipelagu in nadzirala trgovino z začimbami.
V začetku 19. stoletja je Indonezija začela postajati središče boja za neodvisnost od nizozemskega kolonializma.
Leta 1945 je Indoneziji uspelo razglasiti svojo neodvisnost in postati neodvisna država.
