Middelalderen i Indonesien begyndte i det 8. til 16. århundrede, især i regionerne Java og Sumatra.
Hindu-buddhistisk rige, såsom kongeriget Srivijaya og Majapahit Kingdom, blev centrum for kultur og handel i øhavet på dette tidspunkt.
Indonesiens middelalder er også kendt som den gyldne tidsalder for kunst og arkitektur, såsom Borobudur og Prambanan templer.
I det 13. århundrede besøgte Marco Polo, en opdagelsesrejsende fra Italien, havne i øhavet og indspillede om livet der.
I det 14. århundrede besøgte en muslimsk sømand fra Marokko ved navn Ibn Battuta også Indonesien og skrev om sin oplevelse der.
Sultan Agung fra Mataram blev en af de vigtige figurer på dette tidspunkt, fordi det lykkedes at forene det javanske territorium og opbygge et stærkt rige.
I slutningen af det 16. århundrede begyndte portugiserne at kontrollere krydderihandelen i øhavet og byggede fæstninger i kystområder.
I det 17. århundrede blev VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) den dominerende kraft i øhavet og kontrollerede Spice Trade.
I begyndelsen af det 19. århundrede begyndte Indonesien at blive centrum for kampen for uafhængighed fra den hollandske kolonialisme.
I 1945 lykkedes det Indonesien at forkynde sin uafhængighed og blive en uafhængig stat.
