Stredný vek v Indonézii sa začal v 8. až 16. storočí, najmä v regiónoch Java a Sumatra.
Hindu-Budhistické kráľovstvo, ako napríklad kráľovstvo Srivijaya a Majapahitské kráľovstvo, sa v tejto dobe stalo centrom kultúry a obchodu v súostroví.
Stredný vek Indonézie je známy aj ako Zlatý vek umenia a architektúry, ako sú chrámy Borobudur a Prambanan.
V 13. storočí navštívil Marco Polo, prieskumník z Talianska, v súostroví a zaznamenal o živote.
V 14. storočí navštívil Indonéziu moslimský námorník z Maroka menom Ibn Battuta a písal o svojej skúsenosti.
Sultan Agung z Mataramu sa stal jednou z dôležitých osobností v tomto okamihu, pretože sa mu podarilo zjednotiť javánske územie a vybudovať silné kráľovstvo.
Na konci 16. storočia portugalci začali ovládať obchod s korením v súostroví a postavili pevnosti v pobrežných oblastiach.
V 17. storočí sa VOC (Vereenigde OOST-Indische Compagnie) stal dominantnou silou v súostroví a ovládal obchod s korením.
Začiatkom 19. storočia sa Indonézia začala stať centrom boja za nezávislosť od holandského kolonializmu.
V roku 1945 sa Indonézii podarilo vyhlásiť svoju nezávislosť a stať sa nezávislým štátom.
