Middelalderen i Indonesia begynte på 800- til 1500 -tallet, spesielt i regionene Java og Sumatra.
Hindu-Buddhist-riket, som kongeriket Srivijaya og Majapahit-riket, ble sentrum for kultur og handel i skjærgården på dette tidspunktet.
Indonesia -middelalderen er også kjent som Golden Age of Art and Architecture, som Borobudur og Prambanan -templer.
På 1200 -tallet besøkte Marco Polo, en oppdagelsesreisende fra Italia, havner i skjærgården og spilte inn om livet der.
På 1300 -tallet besøkte en muslimsk sjømann fra Marokko ved navn Ibn Battuta også Indonesia og skrev om sin erfaring der.
Sultan Agung fra Mataram ble en av de viktige figurene på dette tidspunktet fordi det lyktes i å forene det javanske territoriet og bygge et sterkt rike.
På slutten av 1500 -tallet begynte portugiserne å kontrollere krydderhandelen i skjærgården og bygde festninger i kystområder.
På 1600-tallet ble VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) den dominerende kraften i skjærgården og kontrollerte krydderhandelen.
På begynnelsen av 1800 -tallet begynte Indonesia å bli sentrum for kampen for uavhengighet fra den nederlandske kolonialismen.
I 1945 lyktes Indonesia med å forkynne sin uavhengighet og bli en uavhengig stat.