Srednja dob u Indoneziji započela je u 8. do 16. stoljeću, posebno u regijama Jave i Sumatre.
Hindu-budističko kraljevstvo, poput kraljevstva Srivijaya i Majapahitskog kraljevstva, postalo je u ovom trenutku središte kulture i trgovine arhipelaga.
Srednja dob Indonezije poznata je i kao zlatno doba umjetnosti i arhitekture, poput hramova Borobudur i Prambanan.
U 13. stoljeću, Marco Polo, istraživač iz Italije, posjetio je luke u arhipelaga i tamo zabilježio o životu.
U 14. stoljeću muslimanski mornar iz Maroka po imenu Ibn Battuta također je posjetio Indoneziju i pisao o svom iskustvu tamo.
Sultan Agung iz Matarama postao je jedna od važnih ličnosti u ovom trenutku jer je uspio ujediniti javanski teritorij i izgraditi snažno kraljevstvo.
Krajem 16. stoljeća Portugalci su počeli kontrolirati trgovinu začina u arhipelagu i izgradili tvrđave u obalnim područjima.
U 17. stoljeću, VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) postao je dominantna sila u arhipelagu i kontrolirala trgovinu začina.
U ranom 19. stoljeću Indonezija je počela postati središte borbe za neovisnost od nizozemskog kolonijalizma.
Godine 1945. Indonezija je uspjela proglasiti svoju neovisnost i postati neovisna država.
