A középkor Indonéziában a 8. és 16. században kezdődött, különösen a Java és a Szumátra régióiban.
A hindu-buddhista királyság, mint például a Srivijaya Királyság és a Majapahit Királyság, ebben az időben a kultúra és a kereskedelem központjává vált.
Indonézia középkorát a művészet és az építészet aranykorának is nevezik, mint például a Borobudur és a Prambanan templomok.
A 13. században Marco Polo, az olaszországi felfedező, meglátogatta a szigetcsoport kikötőit és rögzítette az ottani életet.
A 14. században az Ibn Battuta nevű marokkói muszlim tengerész szintén meglátogatta Indonéziát, és ott írt tapasztalatait.
A Mataramból származó Agung szultán ebben az időben az egyik fontos figura lett, mert sikerült egyesítenie a jávai területet és egy erős királyságot építeni.
A 16. század végén a portugálok elkezdték ellenőrizni a fűszerkereskedelmet a szigetcsoportban, és erődöket építettek a part menti területeken.
A 17. században a VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie) lett a domináns erő a szigetcsoportban, és irányította a fűszerkereskedelmet.
A 19. század elején Indonézia a holland gyarmatosítástól való függetlenségért folytatott küzdelem központjává vált.
1945 -ben Indonéziában sikerült kijelentenie függetlenségét és független állammá vált.
