Keskaeg Indoneesias algas 8. - 16. Sajandil, eriti Java ja Sumatra piirkondades.
Hindu-budistlik kuningriik, näiteks Srivijaya kuningriik ja Majapahiti kuningriik, said sel ajal saarestiku kultuuri- ja kaubanduse keskpunkti.
Indoneesia keskeas on ka kunsti ja arhitektuuri kuldajastu, näiteks Borobudur ja Prambanani templid.
13. sajandil külastas Itaaliast pärit maadeavastaja Marco Polo saarestikus sadamaid ja salvestas sealse elu kohta.
14. sajandil külastas Indoneesiat ka Maroko moslemi meremees nimega IBN Battuta ja kirjutas seal oma kogemusest.
Mataramist pärit sultan Agung sai sel ajal üheks oluliseks tegelaseks, kuna see õnnestus ühendada Javani territoorium ja ehitada tugev kuningriik.
16. sajandi lõpus hakkasid portugallased kontrollima vürtsikaubandust saarestikus ja ehitasid rannikualadele linnused.
17. sajandil sai lenduv orgaaniline orgaaniline osa (Vereenigde oost-indische compagnie) saarestikus domineerivaks jõuks ja kontrollis vürtsikaubandust.
19. sajandi alguses hakkas Indoneesiast saama Hollandi kolonialismist sõltumatuse võitluse keskpunkt.
1945. aastal õnnestus Indoneesial kuulutada oma iseseisvus ja saada iseseisvaks riigiks.
