Mikroorganismy lze nalézt kdekoli, od půdy po vzduch a dokonce i v lidském těle a zvířatech.
Bakterie jsou nejběžnější mikroorganismy, které se nacházejí v přírodě, včetně Indonésie.
Jednou ze slavných mikrobiologických studií z Indonésie je objev bakterií produkujících streptomycin antibiotiky prof. Dr. Djoko Soejarto v roce 1943.
Mikroorganismy mají důležitou roli v přírodním výživovém cyklu, jako je rozklad organické hmoty na živiny pro rostliny.
Některé typy mikroorganismů lze použít k výrobě potravin a nápojů, jako je jogurt, kefir a tempeh.
Indonésie má vysokou biologickou rozmanitost, najdete zde tolik jedinečných mikroorganismů.
Mikroorganismy hrají důležitou roli v průmyslové výrobě, jako je výroba biologického paliva a chemikálie.
Kvalita vody v Indonésii může být ovlivněna existencí mikroorganismů, jako jsou koliformní bakterie, které mohou naznačovat špatnou kvalitu vody.
Mikroorganismy mají také důležitou roli v lékařské oblasti, například při vývoji vakcín a drog.
Indonésie má několik známých mikrobiologických laboratoří, jako je mikrobiologická laboratoř Fakulty lékařské fakulty, Indonésie University of Indonésie a Mikrobiologické laboratorní středisko pro veterinární výzkum.