Mikroorganismer findes overalt, lige fra jord til luft og endda i den menneskelige krop og dyr.
Bakterier er de mest almindelige mikroorganismer, der findes i naturen, herunder i Indonesien.
En af de berømte mikrobiologiske undersøgelser fra Indonesien er opdagelsen af streptomycin -antibiotikum, der producerer bakterier af prof. Dr. Djoko Soejarto i 1943.
Mikroorganismer har en vigtig rolle i den naturlige ernæringscyklus, såsom nedbrydning af organisk stof til næringsstoffer til planter.
Nogle typer mikroorganismer kan bruges til at producere mad og drikke, såsom yoghurt, kefir og tempeh.
Indonesien har en høj biodiversitet, der findes så mange unikke mikroorganismer der.
Mikroorganismer spiller en vigtig rolle i industriel produktion, såsom biobrændstofproduktion og kemikalier.
Vandkvalitet i Indonesien kan påvirkes af eksistensen af mikroorganismer, såsom coliform bakterier, der kan indikere dårlig vandkvalitet.
Mikroorganismer har også en vigtig rolle inden for det medicinske område, såsom i udviklingen af vacciner og medikamenter.
Indonesien har adskillige velkendte mikrobiologilaboratorier, såsom Microbiology Laboratory of the Fakultet for Medicin, University of Indonesia og Microbiology Laboratory Center for Veterinary Research Center.