Mikroorganizmi se mogu naći bilo gdje, u rasponu od tla do zraka, pa čak i u ljudskom tijelu i životinjama.
Bakterije su najčešći mikroorganizmi koji se nalaze u prirodi, uključujući u Indoneziji.
Jedna od poznatih mikrobioloških studija iz Indonezije je otkriće bakterija koje proizvode antibiotike streptomicina od strane prof. Dr. Đoko Soejarto 1943.
Mikroorganizmi imaju važnu ulogu u prirodnom prehrambenom ciklusu, poput raspadanja organske tvari u hranjive tvari za biljke.
Neke vrste mikroorganizama mogu se koristiti za proizvodnju hrane i pića, kao što su jogurt, kefir i tempeh.
Indonezija ima visoku biološku raznolikost, tako da se tamo mogu naći mnogo jedinstvenih mikroorganizama.
Mikroorganizmi igraju važnu ulogu u industrijskoj proizvodnji, poput proizvodnje bio goriva i kemikalija.
Na kvalitetu vode u Indoneziji može utjecati postojanje mikroorganizama, poput koliformnih bakterija koje mogu ukazivati na lošu kvalitetu vode.
Mikroorganizmi također imaju važnu ulogu u medicinskom području, poput razvoja cjepiva i lijekova.
Indonezija ima nekoliko dobro poznatih mikrobioloških laboratorija, poput Mikrobiološkog laboratorija Medicinskog fakulteta, Sveučilišta u Indoneziji i Mikrobiološkog laboratorijskog centra za veterinarski istraživački centar.
