Mikroorganisma boleh didapati di mana -mana, mulai dari tanah ke udara, dan bahkan di dalam tubuh manusia dan haiwan.
Bakteria adalah mikroorganisma yang paling biasa yang terdapat dalam alam semula jadi, termasuk di Indonesia.
Salah satu kajian mikrobiologi yang terkenal dari Indonesia ialah penemuan bakteria menghasilkan antibiotik streptomycin oleh Prof. Dr. Djoko Soejarto pada tahun 1943.
Mikroorganisma mempunyai peranan penting dalam kitaran pemakanan semulajadi, seperti penguraian bahan organik ke dalam nutrien untuk tumbuh -tumbuhan.
Beberapa jenis mikroorganisma boleh digunakan untuk menghasilkan makanan dan minuman, seperti yogurt, kefir, dan tempe.
Indonesia mempunyai biodiversiti yang tinggi, begitu banyak mikroorganisma yang unik boleh didapati di sana.
Mikroorganisma memainkan peranan penting dalam pengeluaran perindustrian, seperti pengeluaran bahan api bio dan bahan kimia.
Kualiti air di Indonesia boleh dipengaruhi oleh kewujudan mikroorganisma, seperti bakteria coliform yang dapat menunjukkan kualiti air yang buruk.
Mikroorganisma juga mempunyai peranan penting dalam bidang perubatan, seperti dalam pembangunan vaksin dan dadah.
Indonesia mempunyai beberapa makmal mikrobiologi yang terkenal, seperti Makmal Mikrobiologi Fakulti Perubatan, Universiti Indonesia dan Pusat Makmal Mikrobiologi untuk Pusat Penyelidikan Veterinar.
