Mikroorganizme najdemo kjer koli, od zemlje do zraka in celo v človeškem telesu in živalih.
Bakterije so najpogostejši mikroorganizmi, ki jih najdemo v naravi, tudi v Indoneziji.
Ena od znanih mikrobioloških študij iz Indonezije je odkritje bakterij, ki proizvajajo streptomicin, prof. Doktor Djoko Soejarto leta 1943.
Mikroorganizmi imajo pomembno vlogo v naravnem prehranskem ciklu, kot je razgradnjo organske snovi v hranila za rastline.
Nekatere vrste mikroorganizmov se lahko uporabljajo za proizvodnjo hrane in pijač, kot so jogurt, kefir in tempeh.
Indonezija ima visoko biotsko raznovrstnost, zato je tam mogoče najti veliko edinstvenih mikroorganizmov.
Mikroorganizmi igrajo pomembno vlogo pri industrijski proizvodnji, kot so proizvodnja bio goriva in kemikalije.
Na kakovost vode v Indoneziji lahko vpliva obstoj mikroorganizmov, kot so koliformne bakterije, ki lahko kažejo na slabo kakovost vode.
Mikroorganizmi imajo tudi pomembno vlogo na medicinskem področju, na primer pri razvoju cepiv in zdravil.
Indonezija ima več dobro znanih mikrobioloških laboratorijev, kot so mikrobiološki laboratorij Medicinske fakultete, Univerza v Indoneziji in Mikrobiološki laboratorijski center za veterinarski raziskovalni center.
