Οι μικροοργανισμοί μπορούν να βρεθούν οπουδήποτε, που κυμαίνονται από το έδαφος μέχρι τον αέρα, ακόμα και στο ανθρώπινο σώμα και τα ζώα.
Τα βακτήρια είναι οι πιο συνηθισμένοι μικροοργανισμοί που βρίσκονται στη φύση, συμπεριλαμβανομένης της Ινδονησίας.
Μία από τις διάσημες μικροβιολογικές μελέτες από την Ινδονησία είναι η ανακάλυψη βακτηρίων που παράγουν αντιβιοτικά στρεπτομυκίνης από τον καθηγητή. Διάρυσμα Djoko Soejarto το 1943.
Οι μικροοργανισμοί έχουν σημαντικό ρόλο στον φυσικό θρεπτικό κύκλο, όπως η αποσύνθεση της οργανικής ύλης σε θρεπτικά συστατικά για τα φυτά.
Ορισμένοι τύποι μικροοργανισμών μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την παραγωγή τροφίμων και ποτών, όπως γιαούρτι, κείλι και tempeh.
Η Ινδονησία έχει υψηλή βιοποικιλότητα, τόσο πολλοί μοναδικοί μικροοργανισμοί μπορούν να βρεθούν εκεί.
Οι μικροοργανισμοί διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στη βιομηχανική παραγωγή, όπως η παραγωγή καυσίμων και οι χημικές ουσίες.
Η ποιότητα του νερού στην Ινδονησία μπορεί να επηρεαστεί από την ύπαρξη μικροοργανισμών, όπως τα κολοβακτηριδιακά βακτήρια που μπορούν να υποδηλώνουν κακή ποιότητα του νερού.
Οι μικροοργανισμοί έχουν επίσης σημαντικό ρόλο στον ιατρικό τομέα, όπως στην ανάπτυξη εμβολίων και φαρμάκων.
Η Ινδονησία διαθέτει πολλά καλά γνωστά εργαστήρια μικροβιολογίας, όπως το εργαστήριο μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής, του Πανεπιστημίου της Ινδονησίας και του Κέντρου Εργαστηρίου Μικροβιολογίας για το Κτηνιατρικό Κέντρο Κτηνιατρικών Ερευνών.
