Mikroorganismus var atrast jebkur, sākot no augsnes līdz gaisam un pat cilvēka ķermenī un dzīvniekiem.
Baktērijas ir visizplatītākie mikroorganismi, kas atrodami dabā, ieskaitot Indonēziju.
Viens no slavenajiem Indonēzijas mikrobioloģiskajiem pētījumiem ir streptomicīna antibiotiku ražojošo baktēriju atklāšana. Dr. Džoko Soejarto 1943. gadā.
Mikroorganismiem ir svarīga loma dabiskajā uztura ciklā, piemēram, organisko vielu sadalīšana augos.
Dažus mikroorganismus var izmantot, lai ražotu ēdienu un dzērienus, piemēram, jogurtu, kefīru un tempeh.
Indonēzijai ir augsta bioloģiskā daudzveidība, tur var atrast tik daudz unikālu mikroorganismu.
Mikroorganismiem ir svarīga loma rūpniecības ražošanā, piemēram, bio degvielas ražošanā un ķīmiskajās vielās.
Ūdens kvalitāti Indonēzijā var ietekmēt mikroorganismu, piemēram, koliformu baktēriju, esamība, kas var norādīt uz sliktu ūdens kvalitāti.
Mikroorganismiem ir arī svarīga loma medicīnas jomā, piemēram, vakcīnu un narkotiku attīstībā.
Indonēzijā ir vairākas labi zināmas mikrobioloģijas laboratorijas, piemēram, Indonēzijas Universitātes Medicīnas fakultātes mikrobioloģijas laboratorija un Veterināro pētījumu centra Mikrobioloģijas laboratorijas centrs.