Mikroorganisme võib leida kõikjal, ulatudes mullast õhuni ning isegi inimkehas ja loomades.
Bakterid on looduses levinumad mikroorganismid, sealhulgas Indoneesias.
Üks kuulsaid Indoneesia mikrobioloogilisi uuringuid on streptomütsiini antibiootikumide tootvate bakterite avastamine prof. Dr. Djoko Soejarto 1943. aastal.
Mikroorganismidel on oluline roll looduslikus toitumistsüklis, näiteks orgaaniliste ainete lagunemine taimede toitaineteks.
Mõningaid mikroorganisme saab kasutada toidu ja jookide, näiteks jogurti, keefiri ja tempehi tootmiseks.
Indoneesias on kõrge bioloogiline mitmekesisus, nii võib sealt leida palju ainulaadseid mikroorganisme.
Mikroorganismid mängivad olulist rolli tööstuslikus tootmises, näiteks biokütuste tootmine ja kemikaalid.
Indoneesia veekvaliteeti võib mõjutada mikroorganismide olemasolu, näiteks kolibakterite olemasolu, mis võib viidata halva vee kvaliteedile.
Mikroorganismidel on oluline roll ka meditsiinivaldkonnas, näiteks vaktsiinide ja ravimite väljatöötamisel.
Indoneesias on mitu hästi tuntud mikrobioloogialaborit, näiteks Indoneesia ülikooli meditsiiniteaduskonna mikrobioloogialabor ja veterinaaruuringute keskuse mikrobioloogia laboratooriumi laboratoorium.
