Mikroorganizmalar, topraktan havaya ve hatta insan vücudunda ve hayvanlarda değişen her yerde bulunabilir.
Bakteriler, Endonezya da dahil olmak üzere doğada bulunan en yaygın mikroorganizmalardır.
Endonezya'dan gelen ünlü mikrobiyolojik çalışmalardan biri, Prof. Dr. 1943'te Djoko Soejarto.
Mikroorganizmalar, doğal beslenme döngüsünde organik maddenin bitkiler için besinlere ayrılması gibi önemli bir role sahiptir.
Yoğurt, kefir ve tempeh gibi yiyecek ve içecekler üretmek için bazı mikroorganizmalar kullanılabilir.
Endonezya'nın yüksek biyolojik çeşitliliği vardır, orada birçok benzersiz mikroorganizma bulunabilir.
Mikroorganizmalar endüstriyel üretimde biyo yakıt üretimi ve kimyasallar gibi önemli bir rol oynamaktadır.
Endonezya'daki su kalitesi, zayıf su kalitesini gösterebilen koliform bakteriler gibi mikroorganizmaların varlığından etkilenebilir.
Mikroorganizmalar, tıbbi alanda aşı ve ilaçların geliştirilmesi gibi önemli bir role sahiptir.
Endonezya, Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Endonezya Üniversitesi ve Veteriner Araştırma Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı Merkezi gibi iyi bilinen birkaç mikrobiyoloji laboratuvarına sahiptir.