ניתן למצוא מיקרואורגניזמים בכל מקום, החל מאדמה לאוויר, ואפילו בגוף האדם ובעלי החיים.
חיידקים הם המיקרואורגניזמים הנפוצים ביותר שנמצאים בטבע, כולל באינדונזיה.
אחד המחקרים המיקרוביולוגיים המפורסמים מאינדונזיה הוא גילוי חיידקים המייצרים אנטיביוטיקה סטרפטומיצין על ידי פרופ 'על ידי פרופ'. ד"ר. Djoko Soejarto בשנת 1943.
למיקרואורגניזמים יש תפקיד חשוב במחזור התזונה הטבעי, כמו פירוק חומר אורגני לחומרים מזינים לצמחים.
ניתן להשתמש בסוגים מסוימים של מיקרואורגניזמים לייצור מזון ומשקאות, כמו יוגורט, קפיר וטמפה.
באינדונזיה יש מגוון ביולוגי גבוה, ולכן ניתן למצוא שם הרבה מיקרואורגניזמים ייחודיים.
מיקרואורגניזמים ממלאים תפקיד חשוב בייצור תעשייתי, כמו ייצור דלק ביו וכימיקלים.
איכות המים באינדונזיה יכולה להיות מושפעת מקיומם של מיקרואורגניזמים, כמו חיידקי קוליפורם שיכולים להצביע על איכות מים ירודה.
למיקרואורגניזמים יש גם תפקיד חשוב בתחום הרפואי, כמו למשל בפיתוח חיסונים ותרופות.
באינדונזיה יש כמה מעבדות מיקרוביולוגיה ידועות, כמו מעבדת המיקרוביולוגיה של הפקולטה לרפואה, אוניברסיטת אינדונזיה והמרכז המעבדה למיקרוביולוגיה למרכז המחקר הווטרינרי.
