İndoneziyadakı elm təhsili 19-cu əsrdə Hollandiya müstəmləkə dövründə başladı.
2021-ci ildə İndoneziya Cənub-Şərqi Asiyada ən çox sayda elmi nəşr olan ilk beş ölkəyə daxil edilmişdir.
2020-ci ildə İndoneziya, Dünya Universiteti Reytinqlərinə görə, elmi təhsilin keyfiyyəti baxımından dünyada 62-ci yerdə 62-ci yerdədir.
İndoneziyadakı məşhur elm təhsili proqramlarından biri orta məktəb şagirdləri üçün hər il təşkil olunan Milli Elm Olimpiadası (ASN).
İndoneziyada həmçinin Bandung Texnologiya İnstitutu (İTB) və Gədəxah Mədə Universiteti (UGM) kimi elm tədqiqat proqramlarını təklif edən bir neçə-inkiqin yüksək səviyyəli bir universitetə malikdir.
2013-cü ildən etibarən İndoneziya daha çox interaktiv və ərizəçi öyrənməyi vurğulayan 2013 tədris planını qəbul etdi.
İndoneziya, xüsusilə kənd təsərrüfatında, informasiya texnologiyalarında və bərpa olunan enerji sahəsində elmin və inkişafında da fəaldır.
İndoneziyada elm təhsili də ətraf mühit və təbiətin qorunması haqqında dərslər də daxildir.
İndoneziyada Bandung Geologiya Muzeyi və Bogor Zoolology Muzeyi kimi bir neçə maraqlı elm muzeyi var.
İndoneziyadan olan bəzi məşhur elm rəqəmlərinə Prof. Dr. Bambang Purwanto, Hacış Maya Universitetinin fiziki və kanslerini və professor Prof. Dr. Şri Sultan Hamengkubuwono X, bir bioloq və DIY valisi.
