Dechreuodd addysg wyddoniaeth yn Indonesia yng nghyfnod trefedigaethol yr Iseldiroedd yn y 19eg ganrif.
Yn 2021, cafodd Indonesia ei chynnwys yn y pum gwlad uchaf gyda'r nifer uchaf o gyhoeddiadau gwyddonol yn Ne -ddwyrain Asia.
Yn 2020, roedd Indonesia yn 62ain yn y byd o ran ansawdd addysg wyddoniaeth yn ôl safleoedd Prifysgol y Byd QS.
Un o'r rhaglenni addysg wyddoniaeth boblogaidd yn Indonesia yw'r Olympiad Gwyddoniaeth Cenedlaethol (OSN), a gynhelir bob blwyddyn ar gyfer myfyrwyr ysgol uwchradd.
Mae gan Indonesia hefyd sawl prifysgol sy'n hysbys sy'n cynnig rhaglenni astudio gwyddoniaeth, megis Sefydliad Technoleg Bandung (ITB) a Phrifysgol Gadjah Mada (UGM).
Er 2013, mae Indonesia wedi mabwysiadu cwricwlwm 2013 sy'n pwysleisio dysgu mwy rhyngweithiol a chymhwysol.
Mae Indonesia hefyd yn weithgar mewn ymchwil a datblygu gwyddoniaeth, yn enwedig ym maes amaethyddiaeth, technoleg gwybodaeth ac ynni adnewyddadwy.
Mae addysg wyddoniaeth yn Indonesia hefyd yn cynnwys gwersi am yr amgylchedd a chadwraeth natur.
Mae gan Indonesia sawl amgueddfa wyddoniaeth ddiddorol, fel Amgueddfa Ddaeareg Bandung ac Amgueddfa Zololeg Bogor.
Mae rhai ffigurau gwyddoniaeth enwog o Indonesia yn cynnwys yr Athro. Dr. Bambang Purwanto, ffisegydd a changhellor Prifysgol Gadjah Mada, a'r Athro. Dr. Sri Sultan Hamengkubuwono X, biolegydd a llywodraethwr DIY.
