Endonezya'da fen eğitimi 19. yüzyılda Hollanda sömürge döneminde başladı.
2021'de Endonezya, Güneydoğu Asya'daki en fazla bilimsel yayına sahip ilk beş ülkeye dahil edildi.
2020'de Endonezya, QS World Üniversitesi sıralamalarına göre, bilim eğitiminin kalitesi açısından dünyada 62. sırada yer aldı.
Endonezya'daki popüler bilim eğitimi programlarından biri, lise öğrencileri için her yıl düzenlenen Ulusal Bilim Olimpiyatı'ndır (OSN).
Endonezya ayrıca Bandung Teknoloji Enstitüsü (ITB) ve Gadjah Mada Üniversitesi (UGM) gibi bilim çalışma programları sunan birkaç iyi üniversiteye sahiptir.
2013'ten bu yana Endonezya, daha etkileşimli ve uygulama öğrenmeyi vurgulayan 2013 müfredatını benimsemiştir.
Endonezya, özellikle tarım, bilgi teknolojisi ve yenilenebilir enerjide bilim araştırması ve geliştirilmesinde de aktiftir.
Endonezya'da fen eğitimi de doğanın çevresi ve korunması hakkında dersler içerir.
Endonezya'nın Bandung Jeoloji Müzesi ve Bogor Zoololoji Müzesi gibi birkaç ilginç bilim müzeleri bulunmaktadır.
Endonezya'dan bazı ünlü bilim figürleri Prof. Dr. Gadjah Mada Üniversitesi fizikçisi ve şansölyesi Bambang Purwanto ve Prof. Dr. Sri Sultan Hamengkubuwono X, Biyolog ve DIY valisi.
