חינוך מדעי באינדונזיה החל בתקופה הקולוניאלית ההולנדית במאה ה -19.
בשנת 2021 נכלל אינדונזיה בחמש המדינות המובילות עם המספר הגבוה ביותר של פרסומים מדעיים בדרום מזרח אסיה.
בשנת 2020, אינדונזיה דורגה 62 בעולם מבחינת איכות החינוך המדעית על פי דירוג האוניברסיטה העולמית של QS.
אחת מתוכניות החינוך המדעיות הפופולריות באינדונזיה היא האולימפיאדה הלאומית למדע (OSN), המתקיימת מדי שנה לתלמידי תיכון.
אינדונזיה כוללת גם כמה אוניברסיטאות ידועות המציעות תכניות לימוד מדעיות, כמו מכון בנדונג לטכנולוגיה (ITB) ואוניברסיטת גאדג'ה מדא (UGM).
מאז 2013 אימצה אינדונזיה את תכנית הלימודים לשנת 2013 המדגישה למידה אינטראקטיבית ויישומית יותר.
אינדונזיה פעילה גם במחקר ופיתוח של מדע, במיוחד בחקלאות, טכנולוגיית מידע ואנרגיה מתחדשת.
חינוך מדעי באינדונזיה כולל גם שיעורים על הסביבה ושימור הטבע.
באינדונזיה יש כמה מוזיאונים למדע מעניינים, כמו מוזיאון בנדונג גיאולוגיה ומוזיאון בוגור זואולוגיה.
כמה דמויות מדע מפורסמות מאינדונזיה כוללות פרופ '. ד"ר. במבנג פורוונטו, פיזיקאי וקנצלר של אוניברסיטת גאדג'ה מדא, ופרופ '. ד"ר. סרי סולטאן המנגקובווונו X, ביולוג ומושל DIY.
