Znanstveno obrazovanje u Indoneziji započelo je u nizozemskom kolonijalnom razdoblju u 19. stoljeću.
U 2021. godine Indonezija je bila uključena u prvih pet zemalja s najvećim brojem znanstvenih publikacija u jugoistočnoj Aziji.
U 2020. Indoneziji je zauzeo 62. mjesto u svijetu u smislu kvalitete znanstvenog obrazovanja prema ljestvici QS World University.
Jedan od popularnih programa obrazovanja u Indoneziji je Nacionalna olimpijada znanosti (OSN), koja se svake godine održava za srednjoškolce.
Indonezija također ima nekoliko dobro poznatih sveučilišta koja nude programe znanstvenih studija, poput Bandung Institute of Technology (ITB) i Sveučilišta Gadjah Mada (UGM).
Od 2013. godine, Indonezija je usvojila nastavni plan i program iz 2013. koji naglašava interaktivnije i aplikacijsko učenje.
Indonezija je također aktivna u istraživanju i razvoju znanosti, posebno u poljoprivredi, informacijskoj tehnologiji i obnovljivim izvorima energije.
Znanstveno obrazovanje u Indoneziji također uključuje lekcije o okolišu i očuvanju prirode.
Indonezija ima nekoliko zanimljivih muzeja znanosti, poput Muzeja geologije Bandung i Muzeja Bogor Zoolology.
Neke poznate znanstvene brojke iz Indonezije uključuju prof. Dr. Bambang Purwanto, fizičar i kancelar Sveučilišta Gadjah Mada, i prof. Dr. Sri Sultan Hamengkubuwono X, biolog i guverner DIY -a.
